เมื่อวันที่ 19 พฤศจิกายน 2564 เวลา 09.30 น. นายนิรุฒ มณีพันธ์ ผู้ว่าการรถไฟแห่งประเทศไทย นำคณะผู้บริหารการรถไฟฯ ลงพื้นที่ตรวจติดตามความก้าวหน้าการออกแบบพัฒนาสถานีรถไฟความเร็วสูงอยุธยา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา เพื่อให้การก่อสร้างสอดคล้องกับผลการศึกษาผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อม และรองรับการเป็นเมืองมรดกโลกพระนครศรีอยุธยา ตามข้อกำหนดของยูเนสโก ทั้งนี้ สถานีรถไฟความเร็วสูงอยุธยา ถูกออกแบบภายใต้ข้อตกลงในการประชุมร่วมไทย-จีน ซึ่งการรถไฟฯได้คำนึงถึงอัตลักษณ์ท้องถิ่น และต่อมาทางองค์การการศึกษาวิทยาศาสตร์และวัฒนธรรมแห่งสหประชาชาติ-ยูเนสโก ได้มีข้อห่วงกังวลว่าโครงการอาจส่งผลกระทบต่อเมืองมรดกโลกพระนครศรีอยุธยา กระทรวงคมนาคม การรถไฟแห่งประเทศไทย กรมศิลปากร และหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง จึงได้ร่วมกันแก้ปัญหาดังกล่าว โดยให้มีการจัดทำรายงานผลกระทบ (Heritage Impact Assessment,HIA.) และให้การรถไฟฯ เป็นผู้ดำเนินการปรับรูปแบบอาคารสถานี ให้เป็นไปตามรายงานผลกระทบสิ่งแวดล้อมและลดความสูงของทางวิ่งลงอีก 4 เมตร เพื่อเป็นการลดผลกระทบที่อาจจะเกิดขึ้นกับเมืองมรดกโลกพระนครศรีอยุธยา
Line